Forskningscentra är långsiktiga forskningssamarbeten inom strategiskt viktiga områden. Institutionen för informationsteknologi huserar flera viktiga centra:

• Centrum för bildanalys (CBA) har sedan 1980-talet utvecklat teori och metoder för datoriserad bildanalys och tillämpat dessa inom viktiga samhällsområden som medicin och miljö.

• eSSENCE är ett samarbete inom e-vetenskap för utveckling av beräkningsmetoder och programvara för simulering och hantering av stora datamängder inom fysik, kemi, biologi, teknik, samhällsvetenskap och humaniora.

• HEdCom är en samverkande nexus för forskargrupper i disciplinär didaktik för högre utbildning vid Uppsala universitet.

• UPMARC (Uppsala Programming for Multicore Architectures Research Center) utvecklar insikter inom parallell programmering och demonstrerar dess effektivitet genom prototyper av verkliga problem.

• UPPMAX (Uppsala Multidisciplinary Center for Advanced Computational Science) är Uppsala Universitets resurs för högprestanda datorer, storskalig datalagring och kunskap inom högprestandaberäkning.

Se denna lista över forskningscentra tidigare knutna till institutionen.